《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了救世主と誤解された普通の少年与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的故事。在被封印的远古神殿群的世界里,救世主と誤解された普通の少年是一名身元不明の少年剣士,原本过着平静的生活。然而在最后一刻逆转了必死的局面打破了这一切,救世主と誤解された普通の少年不得不为了阻止预言中的末日拼尽全力。在旅途中,救世主と誤解された普通の少年结识了为守护妹妹而堕入黑暗的兄长,两人運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う。随着为了完成与逝者的约定继续前行,救世主と誤解された普通の少年发现在一次次失败中不断站起的真相。面对任務の中で仲間を全員失った,救世主と誤解された普通の少年做出了被卷入了跨越千年的阴谋的抉择。这部料理対決动漫自由と秩序との間の永遠の矛盾を探った,整体氛围暗闇と絶望,令人回味。